Es el órgano que tiene por finalidad:
- Realizar los actos administrativos del Instituto,
- Coordinar las actividades de los órganos del IPGH;
- Prestar asistencia necesaria para el funcionamiento de los órganos del IPGH y de las Secciones Nacionales;
- Ejecutar aquellas tareas que le encomiende la Asamblea General, y
- Velar por el cumplimiento de las decisiones adoptadas por los órganos del IPGH.
La Secretaría General tiene funciones en Palacio sede de la ciudad de México, y está a cargo de un Secretario General, quien es elegido por la Asamblea General.